De acuerdo con el Informe de la Presidencia de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa (CoVAJ-Ayotzinapa), siete jueces y una magistrada realizaron diversos actos que van desde la eliminación de pruebas, aceptación de pagos y negación de información, lo anterior ocasionó que se viera obstaculizada la investigación.
Desde el inicio de las indagaciones, el Poder Judicial de la Federación (PJF) radicó los procesos judiciales en siete juzgados de siete entidades de la República en dos sistemas procesales distintos, lo que generó la fragmentación del proceso judicial. A la fecha se contabilizan 28 causas penales iniciadas ante el PJF por acusaciones directa o indirectamente vinculadas a los hechos de Iguala, Guerrero.
La falta de unificación en los procesos penales, en sí misma, es un obstáculo para el acceso a la justicia, frente a ello las madres y padres de los estudiantes han demandado a la Suprema Corte de Justicia de La Nación (SCJN) para que establezca una jurisdicción única sobre el caso, demanda que no ha sido atendida. Fragmento del Informe de la Presidencia de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa.
Los jueces que entorpecieron la investigación son:
Además, el informe presenta que se establecieron contratos con el Gobierno Federal a partir del 2015; el 93% de los contratos se realizaron con la Sedena de ese momento.
El 3 de diciembre de 2022, López Obrador emitió el primer decreto para la creación de la (CoVAJ-Ayotzinapa con la finalidad de investigar y conocer la verdad sobre el caso de desaparición forzada de los 43 normalistas de Ayotzinapa.
Señalamos desde entonces que la única verdad sobre la desaparición de los normalistas era que no existía verdad alguna y asumimos el compromiso con las madres y padres de los estudiantes, de decirles siempre la verdad por dolorosa que ésta fuera. Fragmento del Informe de la Presidencia de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa.
De acuerdo con la investigación, los tres ejes fundamentales fueron el acopio, análisis y sistematización de la información. Esto permitió la obtención de información de 15 instituciones públicas, entre estos; 50 videos del Centro Nacional de Inteligencia y de los sobrevuelos entregados por la Secretaría de Marina; la información solicitada a la vicepresidenta de Estados Unidos, Kamala Harris, sobre la intervención de comunicaciones de Guerreros Unidos; 17 mil 20 audios proporcionados por la Guardia Nacional; y la apertura de archivos militares de la Secretaria de Defensa Nacional, entre ellos 17 mil 60 documentos.
Además, entrevistaron a 115 personas involucradas entre los que se encuentran testigos, colaboradores y familiares; derivado de las entrevistas se han priorizados a 34 objetivos, entre quienes se encuentran líderes de cárteles delictivos, lugartenientes, operadores financieros, sicarios, familiares y amistades de los inculpados.
De los 17 mil documentos obtenidos de los archivos militares en Guerrero se logró identificar dos intervenciones de comunicaciones entre integrantes de Guerreros Unidos y autoridades municipales